El IES Infante D. Juan Manuel ha desarrollado un sistema de atención a la diversidad amplio.

Utiliza como principio el agrupamiento flexible desde 2º a 4º curso de la E.S.O. (Profundización y Ayuda Escolar), lo que permite el desdoble del alumnado en las materias de matemáticas, ciencias sociales, ciencias de la naturaleza, lengua e inglés, según sus características definidas de interés, motivación, rendimiento y necesidades.

En Bachillerato se imparte el Bachillerato de Investigación, desde el curso 2007-2008.

Para el alumnado con problemas de aprendizaje pero potencial de titulación, el Centro dispone de los programas de Diversificación de dos años (3º y 4º de E.S.O.) y de un año (4º de E.S.O.).

Recibimos alumnado con necesidades educativas específicas (déficits auditivos severos, discapacidad psíquica y altas capacidades).

El Proyecto ABC, implantado en nuestro centro en el curso 2007-08, asigna profesorado especialista con conocimiento de Lengua de Signos para abordar la enseñanza del alumnado con déficits auditivos severos en régimen de integración en el aula con el resto de alumnos y profesores.

El Plan de atención a los alumnos/as superdotados intelectualmente, regulado por la Orden 24 de mayo de 2005, de la Consejería de Educación y Cultura, se define y aplica a partir del curso 2008-2009, al ser reconocido el Infante Don Juan Manuel centro preferente para la escolarización de este alumnado.